Geotapak Air Terjun Sekayu terdiri daripada batuan igneus Granit Kapal berusia Trias (230 juta tahun) sebagai batuan yang dominan dan beberapa siri penerobosan daik dolerit yang berskala besar. Nama granit di kawasan Sekayu ini adalah monzo granit berwarna kelabu cerah. 

Geotapak ini bernilai saintifik dan rekreasi bertaraf tempatan kerana ianya berkait rapat dengan fenomena pengangkatan Granit Jalur Timur pada era Mesozoik hasil daripada subduksi kerak lautan Tethys. 

Hasil aktiviti tektonik ini telah mewujudkan pelbagai struktur iaitu sesar, kekar, apofisis dan zenolith. Kewujudan daik dolerit berskala besar juga menjadikan geotapak ini berpotensi dijadikan bahan penyelidikan oleh warga pendidik. 

Landskap air terjun yang terbentuk akibat pemotongan oleh sesar yang merentas aliran sungai utama membentuk panorama yang indah beserta kolam-kolam air terjun menambahkan nilai estetik geotapak ini.